La chiesa di S. Clemente è uno dei complessi più importanti per la sua sovrapposizione di fasi costruttive pertinenti a periodi diversi. L'attuale chiesa medievale è stata costruita al di sopra della basilica paleocristiana, a sua volta edificata su un complesso di costruzioni formato due isolati distinti. Il primo dei due edifici, partendo da ovest, consiste nella parte inferiore di una grande casa d'affitto (insula) del I seco- lo. All'interno del cortile di questa casa nel III secolo venne realizzato un mitreo, costituito dall'ambiente di culto, da un vestibolo coperto con una volta decorata con stucchi, e da alcuni ambienti di cui non si conosce l'utilizzo. Il santuario presenta podi in muratura disposti lungo le pareti ed è co- perto con una volta a botte decorata con pomici a imitazione dell'interno di una grotta. Vicino alla parete di fondo è situa- to l'altare con la rappresentazione di Mitra che sacrifica il toro sacro. Il secondo edificio è separato dal precedente da uno stretto e lungo vicolo; il settore corrispondente al piano terra è forma- to struttura con le pareti perimetrali in opera quadrata, simi- le agli horrea (magazzini) di Roma e Ostia, all'interno della quale si trova una serie di tabernae disposte sui quattro lati di un ampio cortile centrale. I muri divisori degli ambienti sono in opera reticolata, mentre i pavimenti sono del tipo a "spina di pesce" (opus spicatum). Sulle strutture del piano ter- ra di questo edificio venne costruita la chiesa del IV secolo, le cui pareti perimetrali (navata sinistra) utilizzarono parte delle murature di ambienti di abitazione situati al secondo piano. Nel XII secolo secolo venne costruita la chiesa attuale, e ven- nero utilizzate per le fondazioni parte delle strutture del- l'edificio precedente.