La chiesa di S. Clemente (immagine 1, immagine 2, immagine 3) è uno dei comples-
si più importanti per la sua sovrapposizione di fasi costruttive pertinenti a periodi
diversi. L'attuale chiesa medievale è stata costruita al di sopra della basilica paleo-
cristiana, a sua volta edificata su un complesso di costruzioni formato due isolati
distinti.
Il primo dei due edifici, partendo da ovest, consiste nella parte inferiore di una
grande casa d'affitto (insula) del I secolo. All'interno del cortile di questa casa nel
III secolo venne realizzato un mitreo, costituito dall'ambiente di culto, da un vesti-
bolo coperto con una volta decorata con stucchi, e da alcuni ambienti di cui non si
conosce l'utilizzo. Il santuario presenta podi in muratura disposti lungo le pareti
ed è coperto con una volta a botte decorata con pomici a imitazione dell'interno di
una grotta. Vicino alla parete di fondo è situato l'altare con la rappresentazione di
Mitra che sacrifica il toro sacro.
Il secondo edificio è separato dal precedente da uno stretto e lungo vicolo; il set-
tore corrispondente al piano terra è formato struttura con le pareti perimetrali in
opera quadrata, simile agli horrea (magazzini) di Roma e Ostia, all'interno della
quale si trova una serie di tabernae disposte sui quattro lati di un ampio cortile
centrale. I muri divisori degli ambienti sono in opera reticolata, mentre i pavimen-
ti sono del tipo a "spina di pesce" (opus spicatum). Sulle strutture del piano terra
di questo edificio venne costruita la chiesa del IV secolo, le cui pareti perimetrali
(navata sinistra) utilizzarono parte delle murature di ambienti di abitazione situa-
ti al secondo piano.
Nel XII secolo secolo venne costruita la chiesa attuale, e vennero utilizzate per le
fondazioni parte delle strutture dell'edificio precedente.